Kostel založil Karel IV. v polovině 14. století na jednom z vyvýšených míst Nového Města pražského zvaného na Větrově. Místo se stalo centrem „pětikostelí“, které tvořilo kříž, který byl symbolem požehnání městu. Kostel zasvětil sv. Apolináři, žákovi sv. Petra, který působil v italské Ravenně, centru západořímské říše.
Roku 1362 sem nechal přenést kapitulu sv. Apolináře ze Sadské. Tato kapitula byl založena roku 1118 knížetem Bořivojem II. Byla podřízena přímo papeži a jejím úkolem bylo studium teologických otázek a přednášky na nové univerzitě.
V roce 1420 se kostela zmocnili husité a kapitula se rozpadla. Utrakvistickým zůstal kostel, i přes různé formální snahy panovníků, až do roku 1628, kdy se kostel vrátil do katolických rukou. V době vlády císaře Josefa II., kdy zrušil blízké kostely sv. Kateřiny a sv. Karla Velikého, se stal kostelem farním a tím zůstal až do dnešních dnů.
Kostel byl několikrát přestavován. V roce 1670 poškodila kostel silná vichřice, která vytloukla okna a srazila sanktusníkovou věžičku. Následná přestavba již proběhla v barokním stylu. V 19. století se objevily na stavbě statické trhliny a tudíž bylo rozhodnuto o jeho opravě v té době velmi moderní regotizací. Ta byla provedena pod dozorem Josefa Mockera.
V kostele se nachází obraz Panny Marie Karlovské od Jana Jiřího Heinsche z roku 1697 zobrazující těhotnou Pannu Marii. Obraz je prý zázračný a vyhledávaly jej těhotné ženy, které se u něj modlily za zdárný porod zdravého dítěte. Prý se u něj modlila také Marie Terezie v roce 1743. Přesto obraz některé církevní činitele pohoršoval a tak se snažili obraz odstranit. Musel zasáhnout až císař, který nařídil, aby obraz zůstal na místě.
Víte, že v původním sídle kapituly vznikl ve 20. století jeden z vývozních artiklů Československé republiky? A že vedle kostela se nacházela nejstarší a nejdéle fungující krčma v Čechách? Procházka po Novém Městě pražském je sice delší a malinko náročnější, ale dozvíte se spousty zajímavostí a navštívíte skrytá místa, která Vás překvapí. Máte nějaké oblíbené místo, které na Novém Městě navštěvujete? Pochlubte se v komentářích.