Kostel je úzce spojen s působením Kongregace Milosrdných sester sv. Karla Boromejského v Čechách.
Ve 30. letech 19. století byly vyslány čtyři dívky z Českých Budějovic do Nancy ve Francii, kde vstoupily do kláštera a následně se vrátily do Prahy jako členky nové Kongregace Milosrdných sester sv. Karla Boromejského a začaly působit v Klárově ústavu. Brzy si ale zřídily vlastní dům (tzv. mateřinec), kde měly šest lůžek pro pacienty. Do nového řádu se začalo hlásit stále více děvčat, takže domek přestal stačit. Rozhodly se tedy začít stavět dům nový.
Na novou stavbu jim štědře přispěl kníže František Lobkowicz a jeho sestra Helena. Kníže na stavbě nového areálu také přiložil ruku k dílu. Podle plánu Adalberta Gudery vznikla čtyřkřídlá dvoupatrová budova nemocnice, sloužící také jako klášter. Kostel přiléhající k budově je jednoduchá empírová stavba z roku 1851. Na průčelí se nacházejí tři sochy – sv. Josefa, sv. Šebestiána a sv. Rocha. Nemocnice patřila k nejlepším v Praze.
Kostel fungoval až do 60. let 20. století, kdy byl odsvěcen a stalo se z něj skladiště knih. V roce 1990 byl kostel Boromejkám vrácen a byl znovu zrestaurován a vysvěcen.
Chcete se dozvědět o kostele a Boromejkách více? Pojďte se mnou do víru Noci kostelů a navštívíme spolu pět kostelů na Hradčanech a Malé Straně, dozvíte se o historii kostelů a řádů, kteří jsou s kostely spojeni.